Ritrovato sé stesso in una remota parte del globo, Mata Nui, lo spirito che ha il dovere di controllare l'equilibrio dell'universo, cerca di salvare gli abitanti di un piccolo villaggio dalla furia distruttrice delle tribù nemiche: gli Skrall e i Bone. Insieme a un gruppo di Glatorian ed a un ristretto numero di abitanti del villaggio, Mata Nui intraprende un'avventura epica verso nuove terre, dove i misteriosi segreti dei Bionicle verranno rivelati.