I membri del gruppo speciale G.I. Joe, dopo l'apparente distruzione dell'organizzazione terroristica Cobra, sono sulle tracce degli unici due superstiti: Zartan e Storm Shadow. Intanto, alla Casa Bianca, Zartan prende il posto del presidente degli Stati Uniti, accusa i G.I. Joe di alto tradimento e li attira in una trappola, riuscendo a decimare il gruppo. Tra nuove alleanze, vecchi nemici e l'aiuto del Joe" originale ormai in pensione, riusciranno a dimostrare la loro innocenza e a salvare il mondo dalla guerra nucleare?"