Dopo essersi vendicato, aver scoperto la sua vera identità e quello che crede essere l'obiettivo dei suoi creatori, Jason Bourne sembra aver trovato un po' di pace. Ma viene attivato un nuovo programma - sviluppato da una struttura di potere globale più intricata e ambigua rispetto al periodo delle super potenze in cui Bourne è stato creato - e Bourne viene gettato allo scoperto da una rete molto più funzionale e più pericolosa di qualsiasi singolo governo. L'obiettivo unico di questo agglomerato di potere è quello di utilizzare a proprio favore il terrorismo, la tecnologia e l'insurrezione per portare a termine il suo piano finale. I suoi inseguitori credono che Bourne si presenterà per farsi ricondizionare se in cambio gli offriranno ciò che più desidera al mondo, l'arma più elitaria che sia mai stata progettata. Ma la cosa che i suoi inseguitori non riescono ad afferrare è che anche i soldati più addestrati difendono gli innocenti dal potere incontrollato.