Jimmy Neutron è un piccolo e geniale inventore. Quando tutti i genitori della cittadina di Retroville spariscono, Jimmy e i suoi amici si divertono come non mai. Ma ben presto iniziano a sentire la loro mancanza. Jimmy riesce a scoprire che tutti i genitori sono stati rapiti dagli Yokiani, enormi e appiccicosi alieni verdi. Insieme agli amici più fidati - il fedele cane-robot Goddard, il migliore amico Carl Wheezer e la sua rivale Cindy Vortex - Jimmy si arma delle proprie invenzioni e, a bordo di astronavi che lui stesso ha costruito nella cantina di casa, cercherà di salvarli.