La scimmia gigante, rinata dal DNA del Kong originale mischiato a quello del "fratello" umano Jason, governa la sua isola. Ma, come annunciato da una profezia, l'antica civiltà di Atlantis è riemersa dalle acque e la sua malvagia regina Reptilia vuole che Kong regni insieme a lei, tornando ad essere Kong, il re di Atlantis. Mentre Jason e i suoi coraggiosi alleati ingaggiano una lotta contro il tempo per ostacolare Reptilia, sono costretti ad affrontare animali guerrieri colossali, fossili misteriosi e nobili ribelli. Jason deve tentare di utilizzare lo speciale potere di cyber-link affinché lui e la scimmia gigante possano mescolarsi e dare vita a un furioso eroe combattente. Solo uniti potranno salvare l'isola e lo stesso Kong.