Durante una visita alla sorella di Velma, Madelyn, che si è iscritta alla Whirlen Merlin Magic Academy, Scooby-Doo e i suoi amici dovranno vedersela con ben altro che un coniglio tirato fuori da un cilindro. Un avido magnate del gelato vuole chiudere la scuola, uno spirito urlante fa venire i brividi a tutti e una creatura mitologica, mezza drago e mezza leone, nota come grifone, sembra essere diventata all'improvviso fin troppo reale. Riusciranno Scooby-Doo, Shaggy, Daphne, Fred e Velma ad imparare abbastanza trucchi del mestiere per svelare tutti i misteri e salvare la scuola?