Michelangelo, Donatello, Leonardo e Raffaello tornano per combattere nemici ancora più grossi e cattivi, insieme a April O'Neil, Vern Fenwick, e a una new entry: il vigilante travestito da giocatore di hockey Casey Jones. Dopo essere scappato dal carcere, il supercattivo Shredder si unisce allo scienziato pazzo Baxter Stockman e a due tirapiedi scemi, Bebop e Rocksteady, per scatenare un piano diabolico e conquistare il mondo. Mentre si preparano a combattere Shredder e la sua nuova banda, le Tartarughe si trovano ad affrontare un cattivo ancora più cattivo con intenzioni simili: il notorio Krang.