Crimine e terrore si stanno diffondendo sulle strade di New York da quando Shredder e il suo diabolico Clan del Piede stanno prendendo il controllo su tutto, dalla polizia alla politica. Il futuro sembra cupo fino a quando quattro fratelli reietti, sopravvissuti a un esperimento scientifico fallito, escono dalle fognature e accettano il loro destino di supremi vigilanti mascherati, le Tartarughe Ninja. Di fronte ai diabolici piani di Shredder per il dominio, questi eroi faranno squadra con l'impavida reporter April O'Neil e il suo arguto e ironico cameraman Vern Fenwick per salvare i cittadini di New York.