Guidati da un ex prete pedofilo dalle strane visioni, gli agenti dell' FBI Whitney e Drummy indagano. Ma le loro ricerche si rivelano ben presto vane, gli indizi sono pochi e il tempo stringe. L'agenzia governativa decide così di far ricorso, ancora una volta, agli agenti Mulder e Scully, che si sono ormai ritirati, l'uno in una casa sperduta in preda alle sue ossessioni e l'altra impegnata come ricercatrice in un ospedale cattolico.