Dopo anni di studi viene scoperta una cura per i mutanti che rischia di alterare il corso della storia. Per la prima volta i mutanti si trovano di fronte alla scelta: mantenere la loro unicità, sebbene ciò li isoli e li alieni dal resto dell'umanità, oppure rinunciare ai propri poteri per uniformarsi a tutti gli altri esseri umani. Su questo dilemma decisivo si scontrano gli opposti punti di vista dei leader dei mutanti, il Prof. Charles Xavier, che predica la tolleranza, e Eric Lehnsherr (alias Magneto), che crede nella sopravvivenza del più forte.